O processo museológico do MAE está amparado no tripé da Museologia: pesquisa, preservação e comunicação, que ocorrem simultaneamente por meio de ações culturais, educativas e cientificas. A pesquisa, alicerce de todo o trabalho museológico, permite o desenvolvimento de conteúdos para exposições, visita mediada, oficinas e cursos de extensão, projetos acadêmicos de graduação e pós graduação, aperfeiçoamento da documentação museológica, criação de suportes gráficos diferenciados para crianças, jovens e adultos. A preservação ocorre por meio de acompanhamento de cada objeto e sua trajetória na instituição, o que gera a atualização constante da documentação museológica, higienização e conservação do acervo exposto e na Reserva Técnica, ações de fomento/divulgação dos acervos e demais memórias das pesquisas e de seus pesquisadores. A comunicação se faz nas mediações junto aos visitantes nacionais e estrangeiros, na criação de suportes gráficos para mediação, intercâmbios, divulgação e conscientização junto às diferentes públicos da importância dos patrimônios culturais materiais e imateriais das inúmeras sociedades indígenas.