O setor de Arqueologia e Etnologia do MAE UFBA realiza trabalhos de pesquisa e curadoria nas coleções do museu, estas de fundamental importância para o estudo das citadas disciplinas. A coleção Valentin Calderón, por exemplo, é parte importante da história da arqueologia brasileira, remetendo às primeiras escavações sistemáticas realizadas no país. As coleções etnográficas originadas dos trabalhos de campo, como por exemplo a coleção Pedro Agostinho, por sua vez, são referência para os estudos relativos à cultura da Bahia. Atualmente, o setor está em fase de reformulação.